А в Элунде или Плаке вы смотрели? Вот поискала на ваши даты в районе Элунды, нашла вот такие варианты:
Elounda Krini Hotel, Milos Apartments
А почему вы сомневаетесь по поводу Агиос Николаоса? Очень душевный городок, а песчаный пляж в районе марины каждый год Голубой флаг получает

Mantraki Hotel Apartments, Creta Hotel
А вот в Истро я нашла только вот такой вариант, правда не уверена, что он как раз не на горе...

Maria Apts Istro