Здравствуйте, Govorira! Сначала скажу, что вы слишком заморачиваетесь

Не стоит так планировать свои поездки, т.к. на месте Крит в любом случае внесет серьезные коррективы в ваши планы

Но, предварительно, чтобы вообще представлять, куда ехать, конечно, стоит набросать маршруты. Но повторю, не стоит к ним относиться так, что, сделал - обязан проехать. Это неправильный подход, первым делом отдыхайте, наслаждайтесь островом, природой, видами
Теперь внесу небольшие коррективы в ваши планы, ну так, как сам бы поступил
Govorira писал(а):1.Бали- Мелидони - Ретимно....... -Бали
что ещё можно неподолеку и попути? т.к. первый день надо немного освоиться.
В этот день я бы точно посетил традиционную деревню Маргаритес, знаменитую своим гончарным делом. Кстати, знаю, что иногда детям давали самим попробовать поработать на гончарном круге, уверен, если повезет, у сына будет незабываемые впечатления! После Маргаритес я бы поехал в Монастырь Аркади. А возможно, проехал бы этот маршрут в обратном направлении, т.е. Бали - Монастырь Аркади - Маргаритес - Мелидони - Бали
Govorira писал(а):2.Бали – Ретимно (не заезжая) – Армени- Спили – Агиос Василиос - Ущелье Котсифу -Миртиос-Плакиас-Монастырь Превели – Курталиотское ущелье (Церковь св. Николая) – Бали.
Тут подскажите правильно или нет расположила , чтобы не кататься туда сюда... помоему если заеду в Спили, то обратно надо возвращаться до дороги на Превели? Успеем вообще или разделить на два дня?
Вообще, если честно, считаю, что вы составили слишком большой маршрут. Несколько пунктов я бы точно исключил. Опираясь на свой опыт, точно знаю, что всего не успею проехать за один день. Спили, да, немного не по пути по дороге в ущелье Котсифу. Как минимум 20 км туда-обратно.
Govorira писал(а):3.Бали – Ретимно (не заезжая) - Аргируполи – Курнас – Георгируполи –Вриссес ?- Ханья – Бали
Лапа где вставить ?
Современный Аргируполи находится на территории Античной Лаппы, вот тут писал об этом немного:
Аргируполи (Argiroupoli) 
С этим маршрутом я бы сделал по-другому:
Бали - оз. Курнас - Аргируполи - Георгиуполи с купанием - прогулка по Ретимно - Бали
Посещение Ханьи и Вриссес оставил бы на другой день с посещением достопримечательностей п-ова Акротири. Ну или, как вариант, эти пункты посетил бы в рамках 4го маршрута.
Govorira писал(а):5.Бали - Критский аквариум (CRETAquarium) - Aquaworld Аквариум и Центр Спасения Рептилий - Музей Критского Быта Лихностатис. Что с ними совместить можно? Где искупаться лучше?
Не уверен, что стал бы включать в один день посещение двух аквариумов, пусть и немного разных по атмосфере, размерам и т.д. Может быть, после Лихностатис съездил бы в традионную деревушку Мохос, по дороге наслаждаясь открывающимися видами на северное побережье.
Govorira писал(а):6.Бали- Малия- Агиос Николаос (Элунда)
Вот тут, чтобы понять, стоит ли еще что-то добавлять, хочу спросить, что именно в этих городах вы планируете посетить? Т.к. по дороге в Агиос Николаос можно посетить: Монастырь Святого Георгия в ущелье Селинари,
зоопарк Амазонас. После Агиос Николаос можно сплавать на о. Спиналонга, доехать до пляжа Вулизма в поселке Истро...