Здравствуйте, alexdoc! Из Амудары можно посетить несколько весьма популярных маршрутов. Среди них:
1. Поездка на плато Лассити:
Аммудара - Малья - Краси - Кера (Женский Монастырь Кардиотиссас) - Музей Человека Разумного - Перевал Сели-Амбелу - Плато Лассити - Керамическая Фабрика - Диктейская пещера (Пещера Психро) - Экопарк Ласинтос - Дзермиадо - Мохос - Малья - Аммудара. Честно говоря, просто немного модернизировал вот
этот маршурт 
По ссылке можете глянуть, что он представляет из себя на карте

Стоит учесть, что маршрут очень насыщенный, поэтому, возможно, из него придется исключить некоторые пункты. Зато, на данный момент, есть из чего выбрать
2. Вторым бы маршрутом предложил другое любимое мной направление:
Аммудара - Малийский Дворец - Элунда - остров Спиналонга - Агиос Николаос - Аммудара
3. Поездка на юг Крита:
Аммудара - Гортина - Фестский дворец - Матала - Мони Одигитрия - Аммудара. Этот маршрут можно усложнить и проехаться немного иначе:
4.
Аммудара - Гортина - Матала - Агия Галини - Спили - Ретимно - Аммудара. Т.е. От Амудары ехать по дороге через Агия Варвара, обратно ехать по дороге через Спили и в Амудару возвращаться из Ретимно по Новой Национальной дороге.
5. Да, забыл про пещеры

Вот еще один маршрут, теперь на запад

Аммудара - пещера Мелидони - пещера Сфедони - Бали - Фоделе - Аммудара
Конечно, это далеко не все, что можно посетить из Амудары. Но, уверен, на 4-6 дней точно хватит

По поводу путешествия на Санторини, почитайте
вот эту тему, там обсуждали этот вопрос

Ехать на Элафониси из Амудары не стал бы. И то, просто потому, что один раз ездили туда из Сталиды, умотались и только смазали впечатления. Менее напряженная поездка из Амудары была бы на знаменитый пальмовый пляж Превели. В эту же поездку можно посетить Монастырь, проехать мимо Курталиотского ущелья.
Из ближайших пляжей можно было бы съездить на пляжи: Агия Пелагия, Бали!!, пляжи залива Мирабелло (особенно, в районе Истро), пляжи, находящиеся восточнее Малии, в Кокини Хани, ну и, конечно же, я бы обязательно съездил на пляжи юга Крита, на Ливийском море!